Secara pasti sampai dengan saat ini sejarah berdirinya Desa Kebumen sulit untuk ditentukan, namun setidak-tidaknya pada tahun 1908 Desa Kebumen sudah ada. Hal ini dibuktikan dari catatan maupun kesaksian bahwa pada tahun 1908 adalah awal diadakannya pemilihan kepala desa (pada zaman itu dengan sebutan Lurah) dengan sistem “bumbung”. Pada zaman Hindia Belanda pemerintahan desa di bawah koordinasi “GLONDONG”. Glondong adalah bentuk pemerintahan pada Zaman Hindia Belanda yang membawahi beberapa desa dan berfungsi sebagai mediator antara pemerintahan desa dengan camat. Glondong juga berfungsi untuk menyampaikan informasi maupun instruksi/perintah dari camat ke desa-desa di bawah wilayahnya.

Dari bukti-bukti arsip, baik sumber historis, peninggalan sejarah Desa Kebumen sulit dibuktikan. Berdasarkan penelusuran yang dilakukan kepada kalangan orang tua yang sudah hidup di lima zaman (Hindia Belanda, Kemerdekaan, Orde Lama, Orde Baru, dan Orde Reformasi) pun tidak dapat memaparkan secara pasti kapan desa Kebumen berdiri. Mereka hanya bercerita pahit getir, suka duka kehidupan yang telah dialami selama ini. Mereka memprediksi kira-kira Kebumen sudah ada sekitar 90 tahun yang lalu (wawancara penelusuran dilakukan pada Tahun 1998).

Selanjutnya bahwa sebutan nama Kebumen kemungkinan berawal dari cerita pada zaman Ki Ageng Pandanaran (tahun tidak diketahui secara pasti). Pada waktu itu ada kejadian Prahara di Salatiga yang mengakibatkan pengikut/prajurit Ki Ageng Pandanaran banyak yang tewas, yang selanjutnya diperintahkan mayat-mayat tersebut untuk dibuang di daerah sebelah kulon Salatiga. Akhirnya pada suatu daerah mayat-mayat prajurit Ki Ageng Pandanaran tersebut karena terlalu banyak sehingga ada yang dimakamkan dan ada yang dibuang begitu saja, sehingga ada yang berkata “wis diletakke wae mambu yo men”. Para pengikut Ki Ageng Pandanaran yang masih hidup menyebut daerah tersebut dengan sebutan Mambu Yo Men kemudian menjadi Mbumen dan akhirnya menjadi Kebumen.